Print

新版PubMed检索攻略:PubMed快速检索及追踪文献


作者:csuduanxm 文章来源:R语言统计与绘图

本文原地址:https://www.iikx.com/news/literature/10444.html

爱科学iikx,为科研人导航

  新版PubMed检索攻略:PubMed快速检索以及追踪文献。文献检索是每一个研究生必备的基本技能,前段时间PubMed彻底告别了旧版,改换了新版界面。

新版pubmed

  相比旧版,新版PubMed有点小清新。

  本文以新版PubMed来演示怎么实现PubMed快速检索以及怎么追踪文献。

  目 录:

  1. PubMed检索规则,

  1.1 布尔逻辑词,

  1.2 截词符,

  1.3 限定词,

  1.4 检索字段标识符,

  2. PubMed检索方式,

  2.1 基本检索,

  2.2 高级检索,

  2.3 主题词检索,

  2.4 作者检索,

  3. 查全率和查准率,

  3.1 含义,

  3.2 提高文献查全率,

  3.3 提高文献查准率,

  4. PubMed文献追踪,

  4.1 PubMed网站追踪,

  4.2 创建RSS追踪,

  我们常说的文献检索通常是指狭义文献检索,是指通过构建检索式(包括制定检索词、使用运算符、设置筛选项等),从文献储存系统中查找目标文献的过程。

  在PubMed中进行检索前,先讲讲PubMed支持的各种检索规则,知道了这些规则后,对学习PubMed检索大有帮助。

  1. PubMed检索规则:

  1.1 布尔逻辑词:

  用于表达检索词与检索词之间的逻辑关系的运算符。常见的逻辑关系词有3个:AND、OR、NOT。

布尔逻辑词

  注意事项:

  1.检索运算符AND、NOT、OR必须大写;

  2.默认检索词之间的"空格"为"AND"检索;

  3.布尔运算是从左至右运行,可以通过括号来改变运算顺序;

  1.2 截词符:

  截词检索是取检索词的一部分,加上截词符号一起进行检索,这种方式解决检索词的单复数、词尾变化、同一词的拼法变异等问题。

  PubMed支持截词检索,常用的截词符号为:

  * 代表零或一个以上字母;

  ? 代表零或一个字母。

  截词检索只针对单个词,而对词组无效,如:bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。

  截词符既可以放在检索词之前,也可以放在词语中间,或词语最后。

  1.3 限定词:

  限定检索通过将检索词限定在一个或多个特定字段中,来减少搜索结果。

  常用的限定检索符号为:双引号"",其表示强制检索,这个跟谷歌、百度等搜索引擎中的强制检索是一样的。

  跟截词符不同,使用双引号进行强制检索可以应用于某个单词,也可以用于词组。

  注意:所有的检索符号都必须是英文状态下输入。

  1.4 检索字段标识符:

  可以在检索词后面加上字段标识符来指定检索词的含义,从而实现精确检索。

  常用的检索字段标识符如下:

常用的检索字段标识符

  2. PubMed检索方式:

  在PubMed中,常用的文献检索的方式有以下几种:

  基本检索

  高级检索

  主题词检索

  作者检索

  2.1 基本检索:

  基本检索是PubMed最常用的检索方式。

  在PubMed基本检索框中输入检索词,点击Search即可检索文献。

  比如在检索框中直接输入Acute Kidney Injury prediction model,点击检索。

PubMed基本检索框

  在结果界面左边可以选择筛选条件来精确检索,比如说精炼文献类型、出版年份等等。

  在进行基本检索时,可以在检索词后加上截词符号、字段标识符或布尔逻辑符等进行精确检索。

  比如说检索具体某一篇文献,在文献标题后加[TI]可以限定检索文章标题。

  2.2 高级检索: 基本检索只适用于一般的检索,如果需要详细的更复杂的检索某一方面的文献,可能需要高级检索。

  通过搭配不同的字段标识符和布尔逻辑词,可以实现更精确的检索。

  2.3 主题词检索:

  主题词检索也是PubMed常用的检索方式。主题词检索一般包括主题词和副主题词两部分。

  首先在进行主题词检索前,我们需要知道什么是主题词,什么是副主题词,以及从哪里可以查询主题词。

  主题词是将文献研究的主要论点概括成(标引)一个或多个规范化的语词。

  副主题词是对主题词的某一特定方面的限定,具有专指性。在进行主题词检索时可以根据需要添加副主题词,可以添加多个,也可以不添加。

  主题词在哪里查看?

  在PubMed检索框右下角点击MeSH Database进入主题词数据库。

  输入检索词,点击搜索,即可进入主题词结果界面。

  如下图所示,Acute Kidney Injury就是我们要找的主题词。

  点击Acute Kidney Injury后,进入主题词界面,在这个界面可以查看副主题词以及该主题词的其他信息。

  在下图,我们还可以查看该主题词的上下级主题词。

  我们可以选中多个副主题词,也可以不选择,点击生成检索式,在点击下面的检索,即可检索文献。

  如下图,我们选择Acute Kidney Injury作为主题词,选择epidemiology、etiology和mortality这三个词作为副主题词,使用OR逻辑词连接,主要检索AKI临床相关的文献。

  在生成的结果中,还可以使用筛选条件进行缩小范围。

  2.4 作者检索:

  在进行作者检索时,需注意文献中作者名字显示方式和PubMed检索库中作者名字显示方式是不一样的。

  文献中的名字显示方式:名在前,姓在后;

  PubMed数据库中显示:姓在前,名在后。

  因此在PubMed中进行作者检索时需考虑上述差异,构建检索式时应把姓放在前面。

  我们在进行作者检索时,一般是检索导师或者某一领域的大牛,看看发表了多少篇论文等。在检索时需注意中国人姓名有些是三个字的,比如说张三丰(Sanfeng Zhang),在PubMed文献库中名字可能存在两种格式,Zhang sf OR Zhang s。检索时两种格式都要考虑检索。即:Zhang sf[au] OR Zhang s[au]。

  另外可以考虑在进行作者检索时,添加作者机构检索词进行更精准的定位,但是考虑到院校重组合并以及跳槽等情况,所有在添加现机构检索词时需考虑以前机构的名称。

  3. 查全率和查准率:

  3.1 含义:

  在进行文献检索前,我们需要明白进行此次文献检索的目的,是希望查出来的文献更多些,还是希望查出来的文献更精准些。

  这就涉及到一个查全率和查准率的问题了。

  查全率=查出来的相关文献/文献库中全部相关文献

  查准率=查出来的相关文献/查出来的全部文献

  查全率和查准率一般不可兼得,在文献检索中是需要查全率高些还是查准率高些看各自要求。

  3.2 提高文献查全率:

  3.2.1 挖掘隐含检索词:

  就拿急性肾损伤而言,急性肾损伤在10多年前并不叫急性肾损伤,而叫急性肾衰竭、急性肾功能不全等,如果在文献检索中单纯只检索急性肾损伤,可能就检索不到急性肾衰竭和急性肾功能不全的文献。

  再比如说预测模型,预测模型的叫法有很多种,预测模型、预测分数等,在检索预测模型文献时应考虑到不同的名称。

  以下都是预测模型相关的文献,叫法不一。

  除了从文献中挖掘隐含检索词外,还可以从辅助工具如CNKI翻译助手、导师同学交流、主题词检索等方法中挖掘。

  3.2.2 熟练使用各种检索规则:

  如上所示,文献中预测模型有很多名称,但是这些名称都有一个共同点,都有predict这个词,可以考虑在检索的时候添加截词符号,如前面所说,可以使用predict*这个检索词。

  在检索时也可以使用不同的字段标识符或布尔逻辑词OR来调整文献检索结果。

  还可以检索不同的数据库来获得更多的文献。

  3.3 提高文献查准率:

  跟提高查全率不同,查准率是要缩小文献检索结果,去掉不相关的文献。

  提高文献查准率的方法也有很多,比如说使用字段标识符如[TI]、[AU]、[TW]等,或者使用限定检索词如双引号进行强制检索。另外也可以减少截词符号的使用。

  如果是使用主题词进行检索,可以在主题词中添加1个或多个副主题词来缩小范围。

  4. PubMed文献追踪:

  4.1 PubMed网站追踪:

  PubMed除了提供文献检索功能外,还提供文献追踪功能,比如说我们通过检索式Acute Kidney Injury[ti]检索文献,我们需要知道以后这方面的新文献,希望PubMed网站可以发信息通知我们。按如下步骤操作,需注册PubMed账号:

  这里设置简单易懂,自己根据需要设置,选择好上述设置后点击下方的保存就可以了。

  4.2 创建RSS追踪:

  除了PubMed网站自己提供的文献追踪功能外,还可以使用RSS阅读器来追踪PubMed网站的文献更新结果。

  使用RSS阅读器并不需要注册PubMed账号,但是需要下载RSS阅读器。

  还是前面的例子,点击Create RSS来创造RSS链接,将这个链接复制到RSS阅读器中就行了。

  讲实话,新版PubMed创建RSS的方式比旧版好很多。 至此,PubMed检索讲的差不多了。

更多 文献检索 请访问 https://www.iikx.com/news/literature/

本文版权归原作者所有,请勿用于商业用途!爱科学iikx.com